С недавних пор все папки на моей флешке стали стали скрытыми, а при просмотре свойств галочка "Скрытый" просто неактивна, а "Только чтение" не снимается: после применения и повторного открытия свойств последний возвращается на исходную. Через дос я попробывал изменить атрибуты - действует только на папки, чьи имена не превышают 8 символов. Папок очень много, переименовывать их специально чтобы изменить атрибуты - очень долго и нудно.

Собственно, что это за проблема такая и как ее можно решить?

Это поработал вирус, он пометил твои папки как системные. У меня после заражения флешки такой херней было тож самое, я лечил просто - скопировал нужные мне файлы (ессно надо сперва всю флешку прогнать антивирусом, в ресайклере будет лежать вирус.), форматнул флешку, создал папки с нужными мне именами и содержимое папок перекинул на флешку назад. Но у меня было всего 3-4 папки, а тебе если надо пачку сразу, то ищи утилиту чтобы изменять атрибут с системных файлов и папок на обычные.