Western Digital WDC WD1600AAJS-00L7A0 (при работе винды) и Seagate ST3160813AS (при работе хакинтош)

Да, скорее в перемычках. Каким шлейфом подключены харды - IDE (широкий такой и тонкий) или SATA (узкий)?
Вот на счет вот этого я не понял: это как? Один винт может быть только одного производителя, но никак не двух. Под Хакинтошем винт может видется неправильно, скорее всего так и есть. Лучше все же для достоверности посмотреть на сами винты, что на них написано?

А без режима AHCI что происходит?
Вообще-то системка приличная, нагрузка хорошая, может быть, что вылетает БП, невыдерживает высокой нагрузки.
если глючит именно винда, то это можно понять. винда по умолчанию не поддерживает этот режим (мелкомягкие супостаты не включили драйвера AHCI), их необходимо устанавливать при установке системы, если помните в самом начале есть предложение "нажмите F6, если нужно установить особый драйвер RAID". вот есть ссылка на сайте мелкомягких: http://support.microsoft.com/kb/922976

Advanced Host Controller Interface (AHCI) — это механизм, используемый для подключения накопителей информации по протоколу Serial ATA, позволяющий пользоваться расширенными функциями, такими как, встроенная очередность команд (NCQ) и горячая замена.

Многие контроллеры SATA могут включать простой режим AHCI или с поддержкой RAID. Intel рекомендует на своих материнских платах выбирать режим с поддержкой RAID (при включённом AHCI) для большей гибкости.[1]

Встроенная поддержка AHCI включена в Microsoft Windows (начиная с Vista), Linux (начиная с ядра 2.6.19[2]), NetBSD, OpenBSD (начиная с версии 4.1), FreeBSD, Solaris 10 (начиная с релиза 8/07). Для более старых операционных систем требуется драйвер производителя.

Поддержка AHCI существует не во всех чипах южных мостов, но, даже при её реализации в чипе производитель материнской платы может не реализовать её в BIOS, и она будет недоступна. Иногда проблема решается перешиванием BIOS, существуют неофициально правленые прошивки для многих материнских плат.

В некоторых случаях (Asus P5KC) поддержку AHCI невозможно включить на южном мосту, но можно включить на отдельно стоящем чипе, работающем на устаревшем Parallel ATA разъёме внутри корпуса или через внешний eSATA разъём. Получается, что внутренние жёсткие диски не могут использовать AHCI, а подключённый по eSATA внешний корпус с диском - может.

Переключение южного моста с обычного PC/AT на AHCI означает задействование в нём совершенно иной, несовместимой логики ATA контроллера. С точки зрения ОС равносильно установке платы проприетарного ATA контроллера в слот и физического переключения загрузочного диска на эту плату, или же перенос диска с установленной ОС в другой корпус с другим проприетарным ATA контроллером.

В этом случае Windows не найдёт свой собственный загрузочный диск и аварийно остановится по INACCESSIBLE_BOOT_DEVICE при загрузке. Для решения проблемы необходимо тем или иным способом установить AHCI драйвер (или драйвер проприетарного контроллера) в Windows ещё до физического переключения, что может быть непросто, ибо в этот момент отсутствует устройство, обслуживаемое драйвером. Тем не менее проблема решается правками реестра, подключением второго жёсткого диска и т. д.

Вся проблема появляется при подключении третьего харда

тогда хз...